Під час Хмельниччини якийсь час місто було під контролем повстанців. Після того, як мешканці Мурафи взнали про несподіваний для повстанців та міщан Ямполя напад на їх місто коронного війська на взимку 1652 року, коли він був взятий (загинули близько 6000 козаків та волохів), вони, як і мешканці Чернівців вирішили здатись королівському війську для уникнення зайвого кровопролиття.